Зарафшон шаҳри вилоят марказидан 200 чақирим (километр) шимолий ғарбда, Қизилқум чўлларининг қоқ марказида жойлашган, ҳамма тарафдан Навоий вилояти Томди туманига қарашли ерлар билан чегарадош.
Шаҳар иқлими кескин континентал бўлиб, ёзи қуруқ -иссиқ, қиши эса совуқ иқлим.
Шаҳарда ёзда ўртача ҳарорат (+21,+41) даражада, қишда эса ўртача ҳарорат (0,-10) даражани ташкил этади.